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口袋里的实验室

admin  发表于 2017年12月10日

口袋里的生化实验室

翻译 项春生

将化学实验室里的烧杯、吸管、加热器、化学药品等杂七杂八的东西统统压缩到一张微芯片上,然后挂在钥匙扣上随时备用——这是否超出你的想象?很多公司和高校都在开发微芯片,准备用它检测生化武器、被污染食品中的毒素含量等。不过,现在的微芯片还远达不到携带方便的要求。单就检测血液或食品中的毒素而言,操作很简单,但给微芯片上的微管加入液体样品时,所需要的仪器却是一个庞然大物。

为了解决上述难题,两个研究小组将微流体技术引入微芯片的开发与制作。借助气流或电力驱动液体分子,这两个小组将取样、分析和报告所需的设备,集成到一个仅有数平方厘米大小的模块上。尽管目前的芯片制作过程都是用手工完成的,但随着技术的进步,微芯片的大批量生产最终会成为现实。微芯片可以快速检测HIV病毒、炭疽杆菌、大肠杆菌等病原体;可以“入驻”糖尿病患者体内,随时监控血糖和胰岛素的水平。它们将迅速在发展中国家普及,成为战场上、普通家庭必备的医疗设备。

用气流推动

因为能在较短时间和狭小空间内,同时进行数百个实验,所需费用却很低廉,微芯片越来越受科学家的欢迎。通过微型通道和阀门,芯片可以加热、冷却或混合数量极少的样品和试剂,还能引入电刺激等外界条件。不过,由于液体的独特性质,要完成加热等操作,必须借助体积相对“臃肿”的外部设备。在直径极小的毛细管道中,即便是浓度非常低的溶液,都会像糖浆一样黏稠,很难流动起来。然而一旦开始流动,它们又很难与其他试剂混合,触发化学反应。如果使用压缩空气驱动液体,需要冗繁的管道设备;使用电力驱动,高电压源又是个难题。

微芯片的推广速度并没有因此放缓,甚至一些更复杂的实验也开始使用微芯片,这迫使科学家不得不思考:如何简化外部设备?1998年,美国密歇根大学安阿伯分校的化学工程师马克·伯恩斯(Mark Burns)和遗传学家戴维·伯克(David Burke),向世界展示了第一张可以鉴别特殊基因或相关基因突变的芯片。从那时起,科学家开始缩小和整合微芯片的外部设备。伯恩斯说:“我们要实现的目标是,任何人在任何时候都能方便地使用遗传分析设备,即便在家里也是一样。”如果孩子在午夜出现流感症状,家长就可以立即使用微芯片进行分析,而无须急匆匆地将孩子带到医院,经过长时间等待得到检查结果。

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微芯片上,对样品中基因的分析始于扩增(即基因不断复制、增多的过程):基因首先与特定的酶混合,经过温育后,就会产生几百万个基因拷贝。再将这些拷贝与另一些酶(剪切酶)混合,把它们剪切成无数DNA片段。随后,向DNA片段加入荧光染料分子,它们结合到一起后,就开始进行电泳分析(在电场作用下,DNA片段在凝胶中迁移的过程)。由于DNA片段的迁移速率取决于它的大小和带电情况,通过观察DNA的迁移速度,我们可以得到很多信息,比如它是否与致病微生物的DNA片段相匹配。

1993年,伯恩斯就开始从事相关研究,5年后,他带领的团队发明了用微弱气流将液滴推进通道的方法,“就像我们用嘴将一滴液体吹进麦秆”。当时,伯恩斯已经制定好了以后的研究计划:能在0.5 cm宽、3.0 cm长的芯片上(大小相当于半片口香糖),进行温度调控、基因扩增、电泳和荧光检测等所有操作。

但伯恩斯的研究面临着巨大的难题,因为能完成上述几个操作的设备都在晶片外部。于是,在接下来的7年里,伯恩斯和伯克都在做一件事:缩小外部设备。正当他们步履维艰之时,一种技术的进步,让他们受益匪浅。上世纪末,聚合酶链式反应(PCR)技术取代原来的DNA扩增方法(链置换扩增技术,SDA),成为基因扩增领域的主流技术。PCR只需要一种酶,而不是原来的两种,极大地简化了化学反应过程。不过,PCR对温度控制的要求却提高了。对SDA来说,芯片只需要将样品加热到50℃,然后保持不变就行;PCR则不同,加热和冷却必须周期性循环:从90℃下降到50℃,再上升到70℃(上述温度都是大概值,对于不同的基因,会有不同的温度要求),然后重复35次。而且每次试验开始前,科学家必须经过多次筛选,才能确定最适合的温度。这是一个费时费力的过程,从未有人想过用一张伯恩斯和伯克想像中的芯片来完成它。

为了避免相互干扰,芯片上负责不同步骤的点之间必须隔热,因而把所有反应过程集中到一块芯片上,将是一项巨大的工程。伯恩斯和伯克花费了数月时间,测试不同材料和不同样式的阀门,并修整通道连接以及检测包膜。这些工作完成后,他们就可以驱动和混合各种分子,还能利用虹吸原理除去某些反应产生的过量液体。

但做了这些还不够。打开、关闭阀门以及推动液体,都需要压缩气流提供动力,而压缩空气输送管道却占了不小的体积。伯恩斯和伯克发现,如果用石蜡制作阀门,问题就变得简单了。分析时,特定位置的电子元件加热阀门,使石蜡软化,气流就很容易打开或关闭阀门。这样一来,芯片只需要两根管道,设备体积明显缩小。2005年,伯恩斯和同事成功地将电子、传感、加热和电泳部件全部整合到一块直径2.5cm的硅晶片上,液体通道则安置在一块玻璃基片上。

伯恩斯的研究小组将自己设计的基因芯片命名为“VIPER”(阀门、整合、PCR、电泳、限制性消化5个词的英文首字母缩写),主要用于鉴定流感病毒的突变型基因(见下页图)。利用基因芯片,15分钟就能完成遗传学分析,而在常规实验室中,使用PCR技术完成分析需要150分钟。伯恩斯说:“微芯片也可检测其他的疾病,分析时只需要更换液体试剂就行了,就像在电脑上使用不同的软件,做不同的工作一样。芯片成功‘瘦身’,也标志着批量生产即将成为现实,到时候,每块芯片的价格还不到1美元。”

现在最主要的问题是,为芯片提供压缩空气的设备仍在芯片外部。芯片系统需要利用手指大小的低压二氧化碳管,将压缩空气输送到各个阀门。另一个没有集成到芯片上的设备是蓝色LED,在电泳时,它会激发结合在基因上的荧光染料,发出荧光。为了解决最后的难题,伯恩斯提出了一个新的构想:将这些组件集成到第二张芯片上,再把两张芯片安装到同一个USB闪存驱动器上。伯恩斯说:“为了实现这个构想,我几乎天天泡在实验室。虽然这是一项很艰难的研究任务,但还是有可能完成的。制作iPod大小的设备,并内置一个压缩空气筒将会越来越容易,多重芯片也可以这样制作。”

伯恩斯和伯克的研究经费还有很大的缺口,他们不得不募集私人资金。美国威斯康星大学麦迪逊分校的生物化学工程师戴维·毕比(David Beebe)对此很乐观,他认为伯恩斯和伯克的研究“已经足以说明便携式芯片商业化的可行性”。或许,很快就有人为他们的研究提供资金。

电力推动

伯恩斯的研究已经说明,设计“芯片实验室”的最大难题是,如何以尽可能小的动力,去推动芯片上的液体。为了解决这个问题,美国麻省理工学院军事纳米技术研究所的科学家设计了一种微型泵。

马丁·巴赞特(Martin Bazant)是一位应用数学家,也是这项研究的主要负责人,他以电力替代压缩空气作为液体的推动力,“这样就没有活动部件,能简化制作工序”。他的研究小组研制的微型泵只需要很低的电压,一颗手表电池就足以供电。

巴赞特借用了电渗原理——在电场内,溶液中的带电分子会发生整体的定向运动。前些年,电渗泵要在100伏以上的直流电下才能工作,无法用于维持芯片实验室的运转。但在1999年,一则报道让科学家喜出望外:交流电也能产生电渗现象。由于在一个通道内,交流电系统可以使用多个电极,因此只需要较低的电压就能维持设备的运转;相反,直流电系统在通道的两个末端只有一个电极,必须使用高电压。

我们可以把交流电系统看作一段铁路。电极相当于低平的枕木,液体则覆盖在两条铁轨中间。即便电极在正负之间不断转换,液体始终向一个方向流动。乍一看,这似乎不可能,因为液体中分子会随着电极的转换而来回移动,实际移动距离为零。但是,当使用了不规则的电极、电极间的距离不均一或者覆盖一层特殊的材料,液体就会向一个方向移动。

只是,交流泵只能让液体以缓慢的速度向前流动——这仍然是一个亟待解决的问题。2003年,巴赞特和同事推测,如果把电极设计成一个两级阶梯(从末端看),产生复杂的三维液流,也许能让液体更快速地流动。这一设想似乎有悖常识,难道阶梯状能影响液体的流动速度?

的确如此。在普通交流系统中,平整电极产生的交流电会让液体产生向后流动的趋势,从而减慢迁移速度。阶梯状电极则不同,它能使在两极之间做反向移动的分子形成回流,产生一个涡流。当多个电极之间出现数个涡流时,就会像传送带一样将上层液流向前移动。

2006年,巴赞特的团队开发出了一个交流电渗输送器。在同一电压下,这种输送器的传递速度是“老式输送器”的10倍以上,在巴赞特看来,这甚至已经接近气压驱动系统的传输速度。此外,当他们测试样机时,研究人员发现漩涡中分子的滞留时间很短,几毫秒内就会向外扩散。这无疑是一个好消息,扩散过程将确保样本中的所有分子向前推进,最终完成生化反应,这也打消了在漩涡中某些分子无法参与反应的疑虑。

微芯片还有一个缺陷:在电极附近,离子会聚集在一起,造成“交通堵塞”。巴赞特认为,这是一个比较容易解决的问题,比如加入能防止离子聚集的分子、稀释样品或在电极上涂一层疏水材料。巴赞特的团队正在进行最艰难的研究:将微流体分析元件安装到输送器上,制作一个完整的“芯片实验室”。他说:“我们的目标是为(美国)陆军制造一个手表大小的装置,可以在唾液或血液中寻找特殊信号,比如信使RNA序列,这标志着身体在对各种各样的生化武器作出反应。”

即使便携式“芯片实验室”成为现实,一些评论家仍然会怀疑,是否每个人都需要这样的芯片?事实已经给出了答案。在美国,医生会把病人的血液等样本送到实验室检查,这样不仅需要较高的成本,而且效率低下。医院一般都有自己的实验室,但“大多数检测都不能立即给出结果”。

微芯片有着巨大的市场。它能满足很多普通家庭的需求,而且在很多发展中国家,还能提高当地的医疗诊断水平。在这些地方,常规实验室很少,医生也只会为病人检测一次,“所以最好能把检查结果当面告诉病人,”巴赞特说。

在战场和远离医院的地方,如果能及时诊断,无疑将提高病人的存活率,而微芯片无疑能提高诊断效率。当芯片足够小,或许还能够移植到人体内,结合到肿瘤上,实时检测到肿瘤是不是在生长,药物是否在发挥作用。伯恩斯说:“我们想让大家知道什么是可能的,也想让大家知道微芯片将变得多么智能化、拥有多么强大的功能。”

 

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