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2013诺贝尔化学奖:把化学过程用计算机模拟出来

撰文/方晨  发表于 2018年06月05日

2013109日,今年的诺贝尔化学奖揭晓,瑞典皇家科学院将此奖授予了3位科学家:法国斯特拉斯堡大学和美国哈佛大学的理论化学家马丁·卡普拉斯(Martin Karplus)、美国斯坦福大学生物物理学家迈克尔·莱维特(Michael Levitt),以及美国南加州大学化学家亚利耶·瓦谢尔(Arieh Warshel),以奖励他们在“发展复杂化学体系的多尺度模型”方面所做的贡献。有意思的是,这3位获奖者都是双重国籍,除了美国国籍外,他们还分别拥有奥地利、英国和以色列国籍。

化学是一门实验科学。提到化学,人们想到的首先就是实验室里的瓶瓶罐罐和仪器设备。上化学实验课时,我们将反应物加入反应容器,在一定的条件下得到反应产物。我们想知道,反应物和产物的分子结构是什么样的?反应过程中发生了什么?

科学家发明了一些方法,例如X射线衍射和核磁共振,用来分析化合物的结构。著名的DNA双螺旋结构,就是通过X射线衍射的方法发现的。不过,用这些办法弄清楚一个复杂分子的结构并非易事。至于反应的过程中到底发生了哪些变化,就更难以分析。所以,科学家尝试通过理论计算来模拟、解释化合物的结构和化学反应的过程。

我们知道,在物理学领域,经典力学和量子力学分别适用于宏观和微观这两个不同的世界。在理论化学领域也是如此,采用经典力学的方法,计算比较简单,因此可以模拟相对复杂的分子结构,但无法模拟化学反应过程;而采用量子力学方法,可以模拟反应过程,但由于计算量太大,只能模拟少数原子组成的简单体系。北京大学化学与分子工程学院的高毅勤教授介绍说,如果进行高精度的量子化学计算,即使是仅有几十个原子的“简单”体系,用目前最强大的超级计算机进行计算也有很多困难。因为要计算每一个电子的状态,这些电子之间还互相耦合,需要求解非常复杂的偏微分方程,计算量大得惊人。

卡普拉斯等3位获奖者发展出的计算方法,将经典力学和量子力学结合起来,从而可以研究复杂化学体系的动力学,包括生物大分子的构象变化、酶催化反应等。高毅勤教授介绍,这些过程有时会涉及到多个不同的大分子协同作用来实现某种功能,不但体系中原子的数目非常多,而且还会涉及化学键的断裂等复杂情况。处理这样的复杂体系,不但要考虑电子的状态,也要考虑分子的结构及构象,还要考虑到分子周围的环境,这就是“多尺度”的含义。

如果都用最小尺度上的精确计算,那是不可能完成的任务。卡普拉斯等建立的方法,就是在不同的尺度上,用不同的方法来处理。例如发生反应处的少数核心原子,采用量子力学的方法进行精细计算;其他没有参与反应的原子则用经典力学方法计算,还可以用其他方法进一步简化,比如把几个原子作为一个比较大的粒子处理。采用这种方法,现在已经可以比较好地模拟包含几百到几千个原子的体系;如果用较低的精度,甚至可以处理包含几亿个原子的体系,例如可以模拟一个病毒的蛋白质外壳是如何运动、变化的。这种方法在众多领域得到非常广泛的应用,包括材料、药物研发、酶催化过程研究、化学反应模拟、生物大分子的模拟等。

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在不同的尺度上,用不同的方法来处理。

 

卡普拉斯是分子动力学模拟领域早期的开拓者之一。早在20世纪六七十年代,他就对最简单的化学反应体系H+H2(即一个氢原子和一个氢气分子之间的反应)进行了计算模拟。瓦谢尔曾与莱维特合作,开发出一套基于经典理论对分子进行模拟的程序。1970年,瓦谢尔加入卡普拉斯的实验室,他们首次将经典和量子的方法结合。几年后,瓦谢尔又与莱维特合作,发表了首个模拟酶类反应的计算方法。

以往的化学研究中,理论化学起到的作用不大,重要的原因就是化学的体系相对来说比较复杂,难以计算。现在,基于3位获奖者建立的理论框架,随着计算机技术的发展,理论化学家们可以处理的体系越来越复杂,越来越接近真实的体系,精度也越来越高。“模拟的结果可以与实验结果相比较、验证,会促使理论研究进一步深入。这一点非常重要。”高毅勤教授说。由于他们的贡献,今天的化学研究,实验和理论相辅相成,互相促进。

中科院化学所边文生研究员评论道,1998年诺贝尔化学奖得主沃尔特·柯恩(Walter Kohn)和约翰·波普(John A. Pople)建立的量子化学计算方法,极大地推动了化学科学走向精确化。今年的诺贝尔化学奖再次颁给了理论化学家,表明化学这一传统的实验学科正在发生质变,理论化学正在发挥越来越重要的作用。

 

 

(本文发表于《科学世界》2013年第11期)


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