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随着美国加强对签证的限制，科学的发展受到了阻碍。

“9·11”事件后，美国自然而然地对希望来美求学的外国人加强了限制。2001年颁布的《爱国者法案》促使追踪外国留学生的电子系统迅速建立，政府官员目前可以对技术领域的科学家、工程师以及学生申请签证进行详尽的审核。美国物理学会(APS)会长William F. Brinkman指出，上述及当前采取的其它措施造就了一种“粘性”签证制度。尽管这种制度使潜在的恐怖分子更难溜进美国，但Brinkman认为，它可能会阻碍美国经济的发展，实际上，甚至会危及国家安全。

签证限制可能对国际交流频繁的物理学界产生最为明显的影响。在伊利诺伊州巴达维亚的费米国家加速器实验室里，有越南、中国、印度和俄罗斯的科学家们提供的探测器，但现在他们都无法前来操作这些仪器。有十几位名科学家错过了2002年9月在布卢克黑文国家实验室举行的会议。俄罗斯科学家Vladimir B. Braginsky在加州理工学院领导着一个研究小组，他没能及时赶回参加小组讨论会；担任加尔兴普朗克天体物理学院院长的俄罗斯科学家sunyaev Rashid A. Sunyaev，不得不取消了对加州理工学院的秋季访问。许多研究所建议其所属的外籍科学家不要离开美国(在生物医学领域，类似的延误情况也屡见不鲜)。

美国同行沮丧地看到，一向对科学家所关心的问题积极回应的美国国务院，如今却对他们的请求充耳不闻。加利福尼亚理工学院的Kip S. Thome，设法询问俄罗斯科学家签证申请的最新进展情况，但毫无音信。他把“签证官僚主义”比作一个黑洞，“你不可能从中得到任何消息。”据报道，提议中的(《爱国者法案II》将要把有关签证的背景材料列为机密存档，那样的话，有缺陷的申请将根本没有机会修改。

高级学者面临的只是签证延误，而学生则被拒之门外。2002年，获得签证的留学生总数为234322人，比2001年减少了20％。国务院发言人Stuart Patt指出，这种减少反映出签证申请自“911”事件以来的总体下滑。与此同时，美国物理学会(APS)对各大学物理系进行的一项的调查表明，有13％被录取的外国学生(包括20％的中国学生)遭到拒签，而有近一半的中国留学生在申请过程中遇到了某些困难。这些问题使得科学学科的教师们匆忙上阵，填补助教与助研的缺额，这甚至使某些小项目无法进行下去。

引起拒签增多的部分原因是：如果领事官员把签证发放给潜在的恐怖分子，那么他们将对此负责，甚至可能被追究刑事责任。美国物理学会的Irving A.Lerch指出，领事官员可能无法区别没有问题的研究领域和相关但是有危险的研究领域。因此他们认为更为安全的做法是，拒绝给某些领域(如凝聚态物理或生物技术)的大多数申请人发放签证。(实际上，大多数学生被拒签的原因是：不能证明完成学业后一定回国。)即使国务卿也无权推翻领事官员所作出的拒签决定。不过，遗憾的是，国务院总监察长在2002年12月调查发现，大多数签证决定是由培训不足的初级官员作出的。他们对于申请人的背景核查并不一致，因此无法阻止意志坚决的恐怖分子进入美国。

签证限制可能将影响美国在物理学领域的卓越地位。在科学与工程领域，有35％一50％的博士学位授予了外国人，他们中的许多人都留在了美国。在物理学界，三分之一的教授出生在国外。训练有素的欧洲科学家在第二次世界大战期间涌入美国，这成为美国科学发展的契机。人们将二战后美国经济增长的一半归功于科技创新，而“外来人”发挥了不可忽视的作用。Lerch担心，发放给科学家和工程师的签证数量持续性的显著减少，可能会造成美国经济的长期下滑。

外来人士在国防领域也作出了重要贡献。阿尔伯特·爱因斯坦和恩里科·费米最初都是敌国公民，但正是他们的发现才有了原子弹。而如今，新规定限制外国人从事学术和工业领域一些“非机密但较敏感”的项目。“一些人不能从事某些领域的研究，”一家安全事务软件公司的首席执行官(此人不愿公开身份)指出，“这使得我们在各个方面招募人才都出现了困难。”洛斯阿拉莫斯发生的李文和事件给人带来种族歧视的印象，造成某些美国公民也不愿意到武器实验室工作，这使国家武器实验室中的职员资格引起了人们的极大关注。新的限制措施更恶化了这一问题，美国信息签影响。技术协会的贸易组织认为，这可能危害到国家的长期安全。

不过，眼前最大的问题是：有关方面对现行规定的执行方式过于僵化。1月份，美国移民局逮捕并拘留了巴基斯坦记者Ejaz Haider，理由是他没有递交自己的指纹。(某些国家的来美人员必须进行登记，接受背景调查。)Haider是华盛顿智囊机构——鲁金斯研究所的访问学者，早在“911”事件发生前就警告美国人，预防伊斯兰圣战组织成员的袭击。领事官员曾明确告知Haider他不需要进行登记。这次事件成为巴基斯坦的头条新闻。“对于美国移民局敌友不分的做法，所有巴基斯坦人都感到非常吃惊，”巴基斯坦Quaid-e-Azam大学的物理学家A. H. Nayyar说，“这样做会使朋友感到忐忑不安。”