三峡工程，作为一个修建在长江干流上的控制性的大型水利枢纽，必将局部改变大自然在这一区域原有的生态和环境的平衡，既会产生正面的也会产生负面的效应。三峡工程在论证阶段，对其可能产生的负面效应做了认真的研究工作。与三峡工程建设同步，国家投入巨资开展了生态修复和地质灾害治理工作。回顾这3年，应该说，三峡对生态和环境的负面影响，总体处于可控制的势态，主要指标均未超过论证阶段的预测。但是，在一些方面也存在令人担忧的问题，如个别支流的水质富营养化、鱼类的生存环境受到影响等。
三峡神女峰红叶
泥沙
三峡水库2008～2010试验性蓄水期悬移质，也就是悬浮并随水流运动的泥沙的输沙量为4.36亿吨，年平均为2.18亿吨，为多年平均值的48%。2003年蓄水以来年平均入库推移质，也就是在水流作用下河床表面附近以滑动、滚动或跳跃方式运动的泥沙的输沙量仅为6.3万吨。绝大部分泥沙淤积在145米高程以下的死库容内，水库泥沙淤积的分布尚处于“填平补齐”的状态，随着坝前水位的抬升，回水末端上延，重庆主城区开始受水库蓄水影响，每年壅水状态和天然状态交替，冲淤变化频繁，但总体变化不大，局部地区存在航道水深紧张、航槽移位等问题。水库下游河道冲刷深度较预测明显增大，下游河道总体河势基本稳定，局部河段冲淤、河势调整较剧烈，下游河段崩岸时有发生，经过及时抢护，均已消除险情。
水质
2008～2010年，三峡库区长江干流和两大支流（嘉陵江、乌江）6个国控断面年度总体水质均达到或优于Ⅲ类，蓄水前后和蓄水过程中三峡库区干支流国控断面总体水质没有发生明显变化。
三峡库区支流，特别是受到回水影响的主要支流，其回水区富营养化程度高于非回水区，且富营养断面比例呈上升趋势，水华仍在不断出现。7个支流断面中，除北碚和临江门两个断面水质符合地表水Ⅲ类标准外，其余5个断面均因总磷超标，水质状况劣于Ⅲ类标准。其中，小江河口、大宁河口、香溪河口和御临河口4个断面水质状况为Ⅳ类，武隆断面水质状况为Ⅴ类。
地质灾害
2001年以来，近300个勘查、设计、施工队伍的约3万多名工程技术人员参加了二、三期地质灾害防治工程。已经实施并完成了430个滑坡、崩塌治理工程项目、21个县级以上城市和69座乡镇302段库岸防护工程项目，初步经受住了三峡水库175米试验性蓄水。
2008年9月，175米试验性蓄水以来，截至2011年3月20日，三峡工程库区共发生地质灾害灾险情378起。滑坡崩塌总体积约3.2亿立方米，塌岸57段总长约25.1公里。紧急转移群众10482人，避免了因灾害造成的伤亡。
水库诱发地震
三峡地震监测结果表明，蓄水后突发密集型小震群，地震活动与水库水位首次快速抬升具有明显的相关关系；但地震活动以微震和极微震为主，蓄水后记录到的最大地震为4.1级，远小于论证报告5.5～5级的预测值。开始蓄水至今历时7年多，地震活动性随库水位升高已逐渐调整，呈明显衰竭趋势。初步判断，水库地震的活跃期已过，渐趋平息。
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